Pendant plus d’un siècle et demi, le Pérou et l’Équateur se sont disputés le contrôle de la région amazonienne située entre la cordillère des Andes et le fleuve Amazone.

Le différend remonte à l’époque coloniale. Après l’indépendance vis-à-vis de l’Espagne, les frontières étaient mal définies. Le Pérou revendiquait les territoires sur la base d’un décret royal de 1802. L’Équateur s’appuyait sur le traité de Guayaquil de 1829, qui lui aurait donné un accès direct au fleuve Amazone. Le conflit débute en effet à l’indépendance des deux pays achevée en 1830 et ne sont résolus qu’en 1998.
En 1563, le roi d’Espagne créa la Real audienca de Quito, qui comprenait au nord, les territoires de Pasto, de Popayan, de Cali, de Buenaventura et de Buga (aujourd’hui en Colombie), et au sud, de Piura (dans l’actuel Pérou). Elle appartint à la vice-royauté du Pérou jusqu’en 1717 date à laquelle elle fut rattachée à la vice-royauté de Nouvelle-Grenade dont la capitale était Bogota. À l’époque, les frontières, en particulier à l’est, étaient relativement imprécises à cause du manque de connaissances géographiques de la région. La première dispute territoriale intervint en 1802 quand l’administration et la défense des régions de Quito et Maynas fut redonnée à la vice-royauté du Pérou. Les imprécisions territoriales de l’époque se retrouvèrent lorsque les colonies espagnoles accédèrent à l’indépendance.

Au cours de l’exploration du continent, de nombreuses missions parties de Quito, notamment conduites par les Jésuites, atteignirent l’Amazone. Aussi, l’Équateur se réclama (jusqu’en 1999) être un pays amazonien.

L’héritage de la Grande Colombie (1822-1830)

Après l’indépendance, Simon Bolívar rêve d’une grande nation unifiée, mais se heurte aux ambitions régionales. En 1828, le dirigeant péruvien José de La Mar envahit la Grande Colombie. Il est défait en 1829.
Le traité Larrea-Gual (1829) établit la paix en se basant sur les anciennes frontières coloniales (uti possidetis juris), reconnaissant notamment que la région de Guayaquil appartient à la Grande Colombie.
En 1830, la Grande Colombie éclate en trois États (Colombie, Venezuela, Équateur).

Le Protocole Pedemonte-Mosquera (1830) devait fixer la frontière sur le fleuve Amazone, au profit de l’Équateur. Cependant, le Pérou conteste sa validité, affirmant qu’il n’a jamais été ratifié et que l’original est introuvable. Avec le Traité Pando-Noboa (1832), lÉquateur et le Pérou conviennent de respecter le statu quo territorial en attendant un accord définitif. Mais 1841, l’Équateur réclame les régions de Tumbes, Jaén et Maynas. Le Pérou refuse, arguant que ces populations souhaitent rester péruviennes et que la région de Maynas lui est rattachée par un décret de 1802.

La stratégie d’occupation péruvienne (1851-1853)

Le Pérou prend l’ascendant en occupant concrètement le terrain. Il signe un traité avec le Brésil en 1851 pour valider ses possessions amazoniennes. Puis il crée le gouvernement de Loreto en 1853, envoyant des militaires et des colons explorer et peupler la zone contestée pour créer un fait accompli.
Le conflit éclate lorsque l’Équateur tente de céder des terres contestées à ses créanciers britanniques pour payer ses dettes (1858-1860).

Le Pérou bloque et envahit le port de Guayaquil.

Profitant de la guerre civile qui ravage l’Équateur, le Pérou impose un traité reconnaissant sa souveraineté sur les territoires disputés. En 1864, il renforce sa présence en fondant la base navale d’Iquitos. Ensuite, pendant plus de 50 ans, les tentatives de règlement échouent systématiquement, malgré plusieurs tentatives d’arbitrage notamment du roi d’Espagne et des négociations directes.
Des escarmouches éclatent au début du XXe siècle (1903-1904). En 1936, un accord de statu quo est signé pour geler les positions frontalières du moment, mais l’Équateur refuse d’y voir une solution définitive, laissant la porte ouverte à la guerre de 1941.

Guerre en plein conflit mondial

Suite à la guerre de 1941, remportée par le Pérou, les deux pays ont signé en 1942 le Protocole de Rio de Janeiro relatif à la paix, à l’amitié et aux frontières, qui définissait la frontière et prévoyait sa démarcation. Cependant, le processus de démarcation a été interrompu à la fin des années 1940, alors que plus de 90 % de la frontière avait été délimitée avec succès, lorsque des avions de cartographie de l’armée américaine ont découvert des anomalies géographiques non conformes au protocole.


La Guerre de la Cordillère du Condor, à la frontière de l’Équateur et du Pérou, a opposé ces deux États entre le 27 janvier et le 17 février 1995.

Un hélicoptère équatorien AS332 Super Puma transportant des troupes au cours du conflit.

Début 1995, le Pérou et l’Équateur s’affrontèrent dans des combats acharnés dans une zone reculée et non délimitée. On dénombra des dizaines de morts et des centaines de blessés, et l’on craignait une escalade du conflit vers les villes. En tant que garants du Protocole de Rio de 1942, les États-Unis, le Brésil, l’Argentine et le Chili s’engagèrent activement dans la recherche d’une solution diplomatique. Grâce à l’aide des garants, l’Équateur et le Pérou convinrent, le 17 février 1995, de cesser les hostilités et de rechercher un règlement pacifique de tous les différends qui les opposaient encore. Le Prix Nobel Mario Vargas Llosa (écrivain péruvien) rédigeait, dès la fin de la guerre, un article révélateur quant à l’absurdité d’un nouveau conflit armé : « L’Équateur et le Pérou présentent les mêmes caractéristiques géographiques et historiques ; ils sont peuplés par les mêmes races et sont confrontés à des problèmes politiques, économiques et culturels parfaitement interchangeables. Que ces deux pays se soient fourvoyés dans un conflit armé malgré toutes ces similitudes, alors que l’intégration régionale semblait en bonne voie sous l’impulsion d’organismes internationaux comme le Mercosur ou l’Alena, en dit long sur les ravages que le nationalisme risque de causer de longues années encore en Amérique Latine… »
En octobre 1995, les observateurs militaires des pays garants (MOMEP) avaient organisé le retrait d’environ 5 000 soldats de la vallée contestée du Cenepa et supervisé la démobilisation de 140 000 soldats des deux camps. La zone de combat fut démilitarisée et l’Équateur et le Pérou commencèrent à détacher des officiers auprès de la mission d’observation. Les États-Unis assurèrent initialement la majeure partie du soutien logistique au MOMEP, mais, en novembre 1997, les autres pays garants assumèrent des responsabilités accrues, notamment le Brésil qui fournit un appui aérien par hélicoptère.
En 1996, les ministres des Affaires étrangères de l’Équateur et du Pérou ont défini les thèmes et les modalités des négociations officielles. Lors des discussions qui se sont tenues à Brasilia entre avril et septembre 1997, l’Équateur et le Pérou ont présenté leurs positions, qui demeuraient très éloignées. Le 26 novembre, les parties ont toutefois accepté une proposition des Garants visant à axer les négociations sur quelques points forts, comme la garantie sécuritaire de la zone contestée.

À Rio de Janeiro, le 19 janvier 1998, l’Équateur et le Pérou ont signé un plan de travail instituant quatre commissions, une dans chaque capitale des pays garants, chargées de traiter les quatre domaines identifiés en novembre. Les deux pays ont désigné des représentants nationaux au sein de ces commissions, qui ont été mises en place simultanément le 17 février. Le plan de travail fixe au 30 mai la date butoir pour la conclusion d’un accord définitif, qui achèverait la démarcation de la frontière et garantirait à l’Équateur un accès permanent au fleuve Amazone.