Les données archéologiques et paléogénomiques montrent que les chiens ont été les seuls animaux domestiques introduits au début du peuplement des Amériques. Les groupes de chasseurs-cueilleurs se sont rapidement répandus vers le sud du continent, mais on ne sait pas exactement quand les chiens ont atteint l’Amérique centrale et l’Amérique du Sud. Les chiens ont accompagné les premières vagues de populations qui sont arrivées en Amérique du Nord il y a au moins 15 000 à 16 000 ans, selon des chercheurs de l’université d’Oxford. Des preuves archéologiques et morphologiques suggèrent que les chiens arctiques étaient utilisés pour faire du traîneau, ce qui aurait été déterminant pour les groupes humains traversant la toundra froide de Sibérie. Puis les Canis camiliaris sont allés vers le sud. Les chiens  d’Amérique centrale et d’Amérique du Sud avant le contact avec les colons européens descendent d’une seule lignée maternelle qui a divergé après l’arrivée des chiens en Amérique du Nord. Plus précisément, le temps de divergence entre les lignées de chiens d’Amérique du Nord, d’Amérique centrale et d’Amérique du Sud correspond à la propagation de l’agriculture et à l’adoption du maïs en Amérique du Sud entre 7 000 et 5 000 ans. Des analyses d’ADN ancien ont montré que tous les chiens ayant précédé le contact avec les colons européens possédaient un ADN mitochondrial appartenant à une lignée spécifique aux Amériques, toujours selon l’université d’Oxford.

Les chercheurs ont séquencé 70 génomes mitochondriaux complets de chiens archéologiques et modernes, collectés du Mexique central au Chili central et à l’Argentine. Leurs résultats révèlent que tous les chiens d’Amérique centrale et d’Amérique du Sud datant d’avant le contact avec l’homme descendent d’une seule lignée maternelle qui a divergé des chiens d’Amérique du Nord après l’arrivée de l’homme sur le continent. 

Alors que l’arrivée des Européens a introduit de nouvelles lignées de chiens qui ont largement remplacé les lignées indigènes, les chercheurs ont constaté que certains chihuahuas modernes portaient encore de l’ADN maternel de leurs ancêtres mésoaméricains d’avant le contact avec les Européens. Ces rares échos génétiques mettent en évidence l’héritage durable des premiers chiens américains et les racines profondes de cette race emblématique.